移行前は，機械・知能系ではプライベートアドレス172.16.**.** を各研究室等に割り当てていました。一方StarTAINS が提供するセキュアなプライベートネットワークでは，アドレス10.**.**.** を使用することとなっており，移行と同時に全端末のIP アドレスを変更することが必要となりました（グローバルアドレスは変更無し）。

移行前の機械・知能系ネットワークでは，各研究室等で使用するプライベートアドレスのサブネットとグローバルアドレスのサブネットを，同一の物理配線上に重畳することを許しており，また，両者間のルーティングも許していました。StarTAINSから提供されるプライベートネットワークではこれが許可されないため，各研究室には，セキュリティの向上等のメリットと引き換えに，利用形態の変更をお願いすることになりました。

フロアスイッチの総ポート数は増加したものの，前述のようにグローバル/プライベートのネットワークを分離する（それぞれフロアスイッチの別のポートに接続する）ことになったため，必要ポート数も増加することになりました。そのため，建物によっては，各研究室等で使用できるグローバルアドレスネットワーク用のポート数に上限を設けて運用することにしました。
とはいえ，従来はプライベートアドレス用も含めた全ポート数に上限を設けていたことを考えると，実質的な制限は緩和されたと考えています。メールやDNS は機械・知能系の共通サービスが用意されており，またTAINS によるホスティングサービスの提供も充実し始めていることから，今後，グローバルアドレスの必要なホストの運用を研究室が自前で行う機会は減っていくものと見ています。

移行当初，エッジルータの各ポートには，その下に接続される研究室等のVLAN のみを登録する形態で運用を開始しました。例えばA 棟1 階のフロアスイッチを収容するポートには，同フロアにある研究室等のVLAN のみを登録していました。この運用では，フロアをまたいだ研究室の移動が生じた場合に，その都度TAINS にエッジルータ設定変更の申請が必要となり，迅速に対応できないという問題がありました。
この点を改善するため，エッジルータのうちフロアスイッチを接続する全ポートに，すべての研究室等VLAN を登録する運用に切り替えました。これにより，フロアをまたぐ部屋の移動も系内の手続きのみで進めることが可能になりました。
しかしこの変更により，障害発生時の影響範囲がエッジルータ配下全体に及ぶ事態を招くことになりました。例えば，ある研究室VLAN 内で誤接続による経路ループが生じブロードキャストストームが起 きてしまった際，従来の影響範囲はその研究室が部屋を持つフロアのみに限定されていました。新構成では，これがエッジルータ配下全体に影響するようになり，系全体で負荷が増大することによる大規模な通信不安定化がしばしば発生するようになりました。
対策として，フロアスイッチの各ポートのトラフィックを監視し，ブロードキャストトラフィックが一定量を超えたらそのポートのみを閉塞する（トラフィックが収まったら再開する）措置を講じました。2011 年8 月にこの対策を行って以降，大きな障害は顕在化しておらず，効果があったと見ています。